HPLC系统中可能的污染物来自人类的触摸，暴露在实验室化学环境中，与零件相关的残留物，或来自以前流动相和样品的残留物。HPLC系统本身会逐渐被流动相清洗，但一些释放的杂质会吸附在色谱柱和探测器润湿表面，从而降低总性能。
•磷酸清洗：通常用于从系统中去除有机杂质。可能是因为洗涤，它似乎比强有机溶剂更好更快。这一步必须在硝酸钝化前清洗。
•硝酸钝化：实际上作用于不锈钢表面，在表面产生均匀的氧化层。该氧化膜保护不锈钢免受腐蚀（卤化物、螯合剂等），并尽量减少浸出的金属离子进入流动相。
使用前应用磷酸清洗和硝酸钝化，包括：
•所有氨基酸分析系统；
•所有包含电化学检测器的系统；
•所有分析无机阳离子的系统，包括过渡金属；
•所有使用柱后添加衍生试剂或复合样品成分的系统。
使用前只需进行磷酸清洗，包括：
•所有常规用途.可能在低pH在低紫外波长的环境下运行HPLC系统；
•所有需要高灵敏度性能的梯度紫外线检测系统。
一准备工作
首先，取下色谱柱，用两个连接器或接头代替色谱柱。实施此清洗步骤时，可选择监测的紫外波长为：254nm。紫外线检测器的自动回零功能通过软件或移动电缆取消。
二具体步骤
1.用甲醇彻底冲洗系统，以等比例的方式通过泵的所有管道。
2.用水彻底冲洗系统，以等比例的方式通过泵的所有管道。
3.通过泵的所有管道以等比例导入~30%v/v磷酸水溶液mL/min流洗流速约一小时。冲洗过程中移动所有阀门，包括：参考阀.进样阀、旁路阀等。
4.用水彻底冲洗所有管道和系统。
必要时用6N硝酸(HN03)重复上述步骤。否则，跳到第7步。注：硝酸盐是一种强紫外线吸收溶液。除非需要，不要做钝化程序。
5.通过泵的所有管道以等比例导人6N硝酸水溶液(约40%)。mL/min流速洗约一小时。
6.用水彻底冲洗系统，仔细检查是否有泄漏，在冲洗过程中反复移动所有阀门，包括：参考阀.进样阀、旁路阀等。
注：如果您想使用不到2700nm为了检测紫外波长，需要更多的水清洗过程，不断更换新鲜水，移动每个阀门（冲洗进样器等）。以去除系统中所有的痕量硝酸盐离子。硝酸盐经常在几天内观察到低紫外波长下的负基线漂移。经常换水和耐心是尽快消除紫外线背景的关键。
7.返回甲醇洗涤，继续用实验所需的溶剂冲洗。
8.通过软件或连接电缆恢复紫外线检测器的自动回零功能。